金年会于2004年开始联合培养硕士生，2006年获得硕士学位授予权。现有11个一级学科、46个二级学科硕士学位授权点、10个专业学位授权类别、8个省级重点学科、1个国家级工程实验室、9个省级重点实验室、1个省级工程实验室、15个国家级、省部级工程（技术）研究中心、1个省级国际科技合作基地。2010年学校被安徽省人民政府学位委员会批准为省级立项建设博士研究生培养单位。

    学校高度重视研究生教育，增加研究生教育投入，加强导师队伍建设、规范研究生教育管理机制，增强研究生的创新能力、实践能力，使学校研究生教育事业迅速发展。学校现有博士生导师14人，硕士生导师400余人。拥有国家级教学名师1人、省级教学名师29人，国家级教学团队1个，省级教学团队12个，省级科技创新团队5个，省学术与技术带头人14人。现有各类在校研究生2100余人。

    研究生院下设办公室、招生办公室、培养科3个内设机构，分别负责学校研究生院日常运行、导师遴选与复审、研究生招生、研究生教学管理、研究生培养及学位管理、学位授权点评估等工作。